Das Comenius-Gymnasium ist ein staatliches Gymnasium mit Internat und Tagesheim mit ca. 700 Schülerinnen und Schülern. Es werden zwei Ausbildungsrichtungen angeboten, ent-weder mit vertiefter Profilbildung in Physik und Chemie ab der 8. Jahrgangsstufe im „Na-turwissenschaftlich-technologischen Gymnasium“ oder mit verstärkter Ausbildung im sprachlichen Bereich beim „Sprachlichen Gymnasium“.
Mit einem umfangreichen Angebot an Wahlkursen im MINT-Bereich, im musischen (Streicherklasse), sportlichen (Sportklasse, Stützpunkte) und sprachlichen/künstlerischen Bereich fördert das Comenius-Gymnasium frühzeitig entsprechende Talente. Besonders im MINT-Bereich wird die Teilnahme an Wettbewerben gefördert und regelmäßig werden Er-folge erzielt.
Ein besonderes Anliegen der Schule ist die individuelle Förderung ihrer Schülerinnen und Schüler. Jeder Einzelne erhält das Angebot, das seinen Begabungen entspricht. Den Leis-tungsschwächeren wird durch flexible Intensivierungsstunden vielfältige Unterstützung bei der Schließung von Lücken geboten, für die besonders Begabten hat das Comenius-Gymnasium als einzige Schule in Niederbayern spezielle Klassen für besonders begabte und hochbegabte Schülerinnen und Schüler eingerichtet.
Aufgrund der Zusammenarbeit mit der Technischen Hochschule Deggendorf vor Ort können Schülerinnen und Schüler über alle Jahrgangsstufen hinweg nicht nur wissenschaftspropä-deutisch und wissenschaftsanalog arbeiten, sondern sie haben auch die Möglichkeit an ech-ter naturwissenschaftlicher Forschung mitzuwirken.